Persatuan Bolasepak Negeri Pahang atau dikenali Pahang FA ditubuhkan oleh Sultan Abu Bakar Mu'azzam Shah ibni al-Marhum Sultan Abdullah pada tahun 1959 untuk mewakili negeri Pahang di Piala HMS Beagle. Pada tahun berikutnya, persatuan itu bermula dengan persiapan ersaingan terhadap negeri lain sebelum mengambil bahagian buat kali pertama dalam Piala HMS Beagle. Pembinaan gelanggang rasmi mereka sekarang iaitu Stadium Darul Makmur, telah disempurnakan oleh Majlis Perbandaran Kuantan pada tahun 1970.

Diketuai oleh legenda Jamal Nasir, Pahang FA memenangi trofi pertama pada tahun 1983 apabila mereka memenangi Piala Malaysia, kejohanan paling berprestij di Malaysia selepas mengatasi Selangor FA dalam kejohanan itu, memecahkan status monopoli dua pasukan Selangor FA dan Singapura FA dan juga menjadi pasukan Pantai Timur yang pertama untuk memenanginya. Walau bagaimanapun, era yang paling berjaya adalah pada tahun 1990-an, apabila pauskan ini berjaya menjejakkan diri ke final Piala Malaysia 4 kali walaupun mereka hanya berjaya sekali pada tahun 1992. 1992 adalah tahun terbaik buat Pahang FA, apabila berjaya memenangi 2 kejohanan, Piala Malaysia dan Liga Semi-Pro. Pahang FA pada tahun itu dikenang sebagai Pasukan Impian apabila beberapa pemain berprofil tinggi memainkan peranan dalam kejayaan pasukan seperti Dollah Salleh, Zainal Abidin Hassan, Khairul Azman Mohamed, Abdul Mubin Mokhtar, Ahmad Yusof, legenda bola sepak Australia, Alan Edward Davidson dan legenda bola sepak Singapura, Fandi Ahmad. Pahang berjaya mengalahkan Kedah FA di peringkat akhir untuk memenangi Piala Malaysia, terima kasih kepada jaringan terpantas dalam sejarah kejohanan Piala Malaysia oleh Zulhamizan Zakaria. Pahang FA juga merupakan pemenang pertama Liga M dalam format barunya iaitu Liga Super Malaysia pada tahun 2004.

Sebagai salah satu pasukan bola sepak yang paling berjaya di Malaysia dari 1980-2007, Pahang FA telah menghasilkan ramai pemain tempatan yang berbakat dari akademi seperti Khairul Azman Mohamed, salah seorang penjaga gol terbaik di Asia pada tahun 1990-an, penyerang prolifik , Azizul Kamaluddin, Mohd Fadzli Saari yang bermain di SV Wehen Wiesbaden di Jerman dan Juzaili Samion yang juga bermain untuk Divisyen 4 kelab FCSR Haguenau di Ligue 1 Perancis pada tahun 2000.

Pada tahun 2008, ramai pemain muda berbakat dari pasukan Shahzan Muda F.C. diserap ke Pahang FA. Pada tahun 2012, Pahang FA bermain di bahagian 2 Liga M, iaitu Liga Premier Malaysia. Semasa di Liga Premier, Pahang FA menunjukkan peningkatan yang baik pada musim 2012 kerana mereka layak ke suku akhir Piala Malaysia, dan pada tahun itu juga menjadi naib juara Liga Premier. Seterusnya layak bermain dalam pertandingan "play-off" untuk Liga Super. Pahang FA menewaskan Kedah FA di perlawanan akhir "play-off", memenangi promosi ke Liga Super 2013.

Pada tahun 2012, persatuan itu perlu bermain di Stadium Mini Temerloh sebagai tempat asal untuk pertama kalinya selepas Stadium Darul Makmur di bawah pengubahsuaian untuk organisasi Sukma 2012. Setahun kemudian, kelab itu kembali ke Kuantam untuk bermain semula di Stadium Darul Makmur yang baru diubahsuai. Juga pada tahun yang sama menjulang Piala Malaysia buat kali ketiga. Dipimpin oleh kapten setia Jalaluddin Jaafar, mereka menamatkan kemarau piala selama 21 tahun. Dengan memenangi piala itu, Zainal Abidin Hassan dan Dollah Salleh mengangkat status mereka sebagai lagenda pasukan Pahang FA, kerana mereka berjaya memenanginya sebagai pemain dan jurulatih.